pyTFAとmatTFA: 熱力学に基づく流束解析のための python パッケージと MATLAB ツールボックス

pyTFAとmatTFAは、オリジナルのTFA論文の最初の公開実装。
具体的には、ギブスエネルギーと代謝物濃度の明確な定式化が含まれる。
これにより、代謝産物濃度測定の直接的な統合を可能にする。

ハイスループット分析技術は、使用できる豊富なオミクスデータを提供する。
システムバイオロジーおよびシステムバイオロジーの分野における多数の研究にもかかわらず、ほとんどの研究は依然として制約ベースのフラックスバランス分析に限定され、重要な物理化学的制約を無視している。

熱力学ベース代謝モデルにおけるフラックス解析（TFA）は定量的メタボロミクスの統合を可能にする。
各反応が熱力学的平衡からどれだけ離れているかを推定できる。
代謝工学の決定を導くための重要な情報を提供する。
大腸菌縮小モデルとゲノムスケールモデルの両方への適用例を示す。
TFAとTFAを通じたデータ統合によって、実現可能なフラックススペースが減少することを実証する。