デバイ-ヒュッケルの式は電解液の中のイオンの相互作用を統計力学的に解析したもの。 電解液全体で電気的中性の条件が成り立つことと、各イオンが統計的に分布することを仮定する。

発熱反応: 化学反応に伴って熱を放出。物質が持つ化学エネルギーは減少。 吸熱反応: 化学反応に伴って熱を吸収。物質が持つ化学エネルギーは増大。 この関係を式で書くと、（化学エネルギーの変化量∆H）＋（放出熱量∆Q'）＝０（エネルギー保存則） 物質は化…

化学反応を進行させるためには、化学結合を切るだけのエネルギーが必要。 反応を進行させるためには、まずは反応物の粒子同士が衝突しなければならない。 しかし、反応物同士が衝突したからといって、必ず反応するとは限らない。 多くの化学反応では、反応が…

自由エネルギー: 熱力学における状態量の1つであり、化学変化を含めた熱力学的系の等温過程において、系の最大仕事(潜在的な仕事能力)、自発的変化の方向、平衡条件などを表す指標となる。 1882年にヘルムホルツが提唱した熱力学上の概念。 等温等圧過程の自…

pyTFAとmatTFAは、オリジナルのTFA論文の最初の公開実装。具体的には、ギブスエネルギーと代謝物濃度の明確な定式化が含まれる。これにより、代謝産物濃度測定の直接的な統合を可能にする。 ハイスループット分析技術は、使用できる豊富なオミクスデータを提…

Characterizing and ranking computed metabolicengineering strategies Schneider and Klamt https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/bty1065/5288513 Bioinformatics, 2019, 1–10doi: 10.1093/bioinformatic…

An upper limit on Gibbs energy dissipationgoverns cellular metabolism https://www.nature.com/articles/s42255-018-0006-7Nature metabolism, vol1, Jan, 2019, 125-132.Niebel et al.,細胞の代謝機能を支配する原理は良くわかっていない。多様な生物が…

COnstraint-Based Reconstruction and Analysis (COBRA)の略。 UCSD（カリフォルニア大学・サンディエゴ校）のパルソン教授が率いるプロジェクト。代謝ネットワークの流束均衡解析 (Flux Balance Analysis) を中心に、ブーリアンモデルの遺伝子制御ネットワ…