計算代謝工学戦略の特徴付けとランキング

Characterizing and ranking computed metabolic
engineering strategies

Schneider and Klamt

Bioinformatics, 2019, 1–10
doi: 10.1093/bioinformatics/bty1065

代謝介入戦略のコンピュータ支援設計が統合された代謝工学的アプローチの鍵となっている。

これらのアルゴリズムの多くは成長の結合を強制する。

何千もの可能性のある介入戦略が得られるが、その中から最適な戦略を選択する必要がある。

この研究では、与えられた計算プールを評価しランク付けする方法に焦点を当てる。

少数の介入、合理的な成長率、高い生産率のような自明な基準に加え、最適戦略を選ぶのに役立ついくつかの新しい基準を提示する。

介入戦略の頑健性を調査します。

介入により分泌され、蓄積すると成長カップリングを乱す可能性のある代謝物を探す。

また介入されやすい経路の熱力学的特性を評価する。

代替案と大幅に重複する戦略は、実装の柔軟性を提供するため上位にランク付けされる。

同じ解空間で介入戦略をグループ化するための同値類の概念を導入する。

全部で10のランキング基準。

大腸菌のゲノムスケールモデルで計算されたノックアウトに基づく介入戦略の評価。

Ｌ－メチオニンおよび異種生成物１，４－ブタンジオールの生長結合合成。